Centrolene condor se distingue de las otras especies de la familia por su dorso verde con muchos puntos blanco amarillentos pequeños y puntos oscuros negro azulados o café; hocico inclinado visto lateralmente; línea labial clara; espinas humerales pequeñas en los machos; lateral view, light labial stripe, small humeral spines in males, pliegues ulnares enameled y pliegues metatarsales blanco seguido de una línea de tubérculos blanco a lo largo del borde externo del tarso. Dentro de los centrolénidos ecuatorianos solo Centrolene buckleyi y C. heloderma son similares, pero difieren principalmente por la coloración dorsal y la distribución geográfica. Centrolene heloderma y C. buckleyi no tienen las manchas oscuras que tiene el dorso de C. condor. C. condor tiene una espina humeral pequeña, curva y ancha con una punta que casi no se proyecta, mientras que los machos de C. buckleyi tiene una espina humeral recta y alargada. Geográficamente C. condor está restringida a la Cordillera del Cóndor, mientras que C. heloderma se conoce solo de la vertiente pacífica de los Andes en Ecuador y Colombia, a elevaciones de 1900-2400 m. Centrolene buckleyi se encuentra a través de los Andes de Colombia y Ecuador hasta Huacambamba en el Departamento de Piura en el norte de Perú a elevaciones entre 2050 y 3070 m.

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(1) Dientes vomerinos presentes; (2) hocico subacuminado visto dorsalmente y fuertemente inclinado visto lateralmente; narinas ligeramente elevadas, produciendo una depresión superficial en el área interna; (3) anillo timpánico visible, vertical, con una ligera orientación dorsolateral; membrana timpánica no diferenciada de la piel a su alrededor; (4) piel dorsal levemente tuberculada con tubérculoa bajos y abundantes espículas; (5) piel ventral granular; región cloacal granular con un cloacal sheath distintivo y algunos tubérculos blancos; (6) dos tercios superiores del peritoneo parietal cubiertos por iridóforos, pericardio blanco y el resto de peritoneo claro no cubierto por iridóforos; (7) hígado lobulado sin iridóforos; (8) machos adultos con espina humeral pequeña; (9) membrana ausente entre los dedos I y II de la mano, membrana basal entre dedos II y III de la mano y membrana moderada entre los dedos externos: III 2 — 2- IV; (10) membrana entre los dedos de los pies moderada: I 11/2 — 2+ II 1 — 2+ III 1 — 2 IV 2 — 1 V; (11) pliegue ulnar blanco; fleco blanco en el borde del Dedo V del pie que continua como un delgado pliegue metatarsal blanco y luego como una fila de tubérculos blancos distintivos lo largo del borde externo del tarso; (12) excrecencias nupciales presentes Tipo I; prepolex oculto; (13) Dedo I de la mano más corto que el Dedo II; (14) diámetro del ojo mayor que que el ancho del disco del Dedo III de la mano; (15) dorso verde con puntos blanco amarillentos y oscuros abundantes, huesos verdes; (16) en preservante, superficie dorsal grisácea con un ligero toque lavanda y puntos claros y oscuros abundantes; (17) en vida, iris crema-amarillo con reticulaciones oscuras muy finas, en preservante, gris claro con reticulaciones oscuras muy finas; (18) melanóforos casi ausentes de los dedos de la mano y pie excepto por unos pocos en la superficie dorsal de los dedos externos en mano y pie; (19) los machos cantan desde la parte superior de las hojas, canto de advertencia no registrado; (20, 21, 22) comportamiento de pelea, masas de huevos y renacuajos desconocidos.

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Dorso verde con abundantes puntos blanco amarillentos y oscuros. Puntos blancos y blanco amarillentos en brazos y piernas. Línea labial amarillo blancuzca. Pliegues de brazos y piernas color blanco. Huesos verdes.