Centrolene heloderma es una de las pocas especies de ranas de cristal que tiene un dorso verde cubierto por pústulas; los machos tienen espinas humerales relativamente grandes. Centrolene heloderma se asemeja a Centrolene buckleyi; ambas tienen espinas humerales en los machos, rsotro inclinado visto lateralmente y una línea labial blanca. La diferencia más conspicua entre ambas especies es que Centrolene buckleyi no tiene la piel dorsal pustular y presenta un tímpano oculto (visible en C. heloderma).

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(1) Vómero sin dientes (2) rostro subacuminado visto dorsalmente e inclinado en vista lateral; (3) tímpano completamente visible, orientado casi verticalmente, relativamente grande, diámetro 38.5-44.5% del diámetro del ojo; pliegue supratimpánico moderado; membrana timpánica pigmentada, claramente diferenciada de la piel a su alrededor; (4) dorso cubierto de verrugas en machos y hembras; en machos, hay espículas evidentes solo en flancos y la región timpánica; (5) par de tubérculos agrandados en la superficie posteroventral de los muslos; (6) tres cuartos anteriores del vientre con iridóforos blancos; pericardio blanco; peritoneo sin iridóforos recubre el aparato digestivo, riñones, testículos, vesícula biliar y vejiga urinaria; (7) hígado tetralobulado, sin iridóforos; (8) espina humeral presente en machos; (9) membrana ausente entre Dedos I, II y III de la mano; membrana moderada entre Dedos III y IV de la mano; fórmula de las membranas de la mano: III (2-21/2) — (12/3-2+) IV; (10) fórmula de las membranas del pie: I (11/4-11/2) — 2 II (1-1+) — (2+-21/4) III (1-1+) — (2-2+) IV (2+-21/2) — (1-11/4) V; (11) pliegue ulnar externo blanco y evidente; pliegue tarsal interno pequeño; pliegue tarsal externo grande con pequeños tubérculos blancos; (12) prepolex no separado del Dedo I de la mano; machos con almohadilla nupcial Tipo I; (13) Dedo II de la mano ligeramanete más largo que el Dedo I (Dedo I 91.0-95.5% del Dedo II); (14) Disco del Dedo III de la mano de ancho moderado, 59.3-74.2% del diámetro del ojo; (15) dorso verde con tubérculos verdes a blanco azulados; labio superior blanco; huesos verdes; (16) en preservante, dorso lavanda apagado a veces con puntos diminutos crema o blancos; (17) iris amarillo a dorado pálido con finas reticulaciones negras; (18) melanóforos en la superficie dorsal del Dedo IV de la mano; (19) los machos cantan desde la superficie superior de las hojas cerca de riachuelos; canto desconocido; (20) comportamiento de pelea desconocido; (21) sitio de deposición de huevos desconocido; (22) renacuajos desconocidos.

Dorso verde a verde oscuro con pústulas verdes a blanco azuladas; borde del labio amarillo blancuzco; peritoneo parietal ventral amarillo blancuzco; región gular verde amarillento pálido; tubérculos cloacales blancos; ulna y tarso blancos; corazón no visible; huesos verdes; iris amarillo a dorado pálido con finas reticulaciones negras.