Centrolene pipilatum se distingue de las demás ranas de cristal por su dorso verde con pequeños puntos blanco amarillentos y otros, más grandes, de color verde oscuro. Además, esta especie presenta un prepolex distintivo. En Ecuador, las únicas especies con un patrón dorsal similar son Centrolene lynchi y C. peristictum, pero ambas especies se encuentran solamente en la vertiente pacífica de los Andes (C. pipilatum se encuentra en la vertiente amazónica). Centrolene sanchezi también se parece a C. pipilatum, pero tiene una espina humeral pequeña y delgada (grande y ancha con la punta proyectada anteriormente en C. pipilatum), y no tiene la espina prepólica distintiva. C. pipilatum tiene un pliegue ulnar y tarsal con tubérculos blancos pequeños (pliegues pequeños o ausentes en C. sanchezi). Nymphargus truebae, una especie conocida solo de los Andes del sur de Perú, tiene el mismo patrón de color que C. pipilatum, sin embargo, los machos de N. truebae no tienen espinas humerales (presentes en los machos de C. pipilatum). Centrolene hybrida tiene el peritoneo gastrointestinal blanco (sin iridóforos en C. pipilatum) y no tiene el prepolex expuesto.

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(1) Proceso dentígero del vómero sin dientes; (2) hocico redondeado visto dorsalmente, redondeado o truncado visto lateralmente; (3) tímpano de tamaño moderado, orientado casi verticalmente con una ligera inclinación lateral y posterior, con diámetro 31.0-39.4% del diámetro del ojo; anillo timpánico completamente visible; pliegue supratimpánico evidente; membrana timpánica translúcida, parcialmente pigmentada, claramente diferenciada de la piel a su alrededor; (4) piel dorsal levemente granular, machos con espículas que coinciden con pequeños puntos blancos; (5) superficie posteroventral de los muslos con un par de tubérculos agrandados; (6) 50-60% anterior del peritoneo parietal ventral color blanco (con iridóforos), parte posterior transparente (sin iridóforos); pericardio blanco; peritoneo sin iridóforos cubriendo intestinos, estómago, riñones, vesícula biliar y vejiga urinaria; (7) hígado con cuatro lóbulos definidos y cubierto de peritoneo transparente; (8) machos con espinas humerales conspicuas; (9) membrana ausente entre los dedos I, II y III de la mano; moderada entre los dedos externos; fórmula de membranas de la mano: III (2+-21/2) — (2-2+) IV; (10) membrana extensa entre los de dos del pie; fórmula de membranas del pie: I (1+-2–) — (2-2+) II (1-11/3) — (2-21/3) III (1-11/2) — 2+ IV (2-21/2) — (1-11/2) V; (11) pliegue ulnar blanco; borde externo del tarso con tubérculos blancos pequeños; pliegue tarsal interno pequeño; (12) prepolex expuesto; almohadilla nupcial Tipo II; (13) Dedo I de igual tamaño que el Dedo II o ligeramente más corto (longitud Dedo I 90.0-100% del Dedo II); (14) ancho disco Dedo III 44.8-56.5% del diámetro del ojo; (15) dorso verde con puntos negros pequeños difusos y puntos blanco amarillentos; huesos verdes; (16) en preservante, dorso lavanda con numerosos puntos blancos diminutos y grandes puntos color lavanda oscuro; (17) iris blanco grisáceo con finas reticulaciones negras y un matiz amarillo alrededor de la pupila; (18) melanóforos en la mitad proximal de la superficie dorsal del Dedo IV; (19) los machos cantan desde la superficie superior de las hojas; (20) comportamiento de pelea desconocido; (21) sitio de deposición de huevos desconocido; cuido parental desconocido; (22) renacuajos desconocidos.

Dorso verde con puntos negros difusos y diminutos puntos color blanco amarillento; labio superior blanco; área bajo el ojo con pequeños tubérculos blancos, que son espiculados en machos; huesos verdes, flancos superiores verdes con puntos blancos diminutos; flancos inferiores crema blancuzco; pliegue ulnar con una línea delgada blanca; pliegue tarsal externo con tubérculos blancos pequeños; pequeños tubérculos blancos justo posterior a la cloaca; iris blanco grisáceo con finas reticulaciones negras y un matiz amarillo alrededor de la pupila.