Difiere de otras especies por tener la membrana timpánica diferenciada, crestas craneales y puntos grandes amarillos en el vientre. En Perú, Strabomantis sulcatus y otras tres especies de Pristimantis también tienen crestas craneales y P. coronatus tiene pliegues dérmicos en la cabeza. Strabomantis sulcatus difiere de Lynchius flavomaculatus por tener el Dedo I de la mano más corto que el II y el Dedo V del pie ligeramente más largo que el III. P. seorsus difiere de L. flavomaculatus por tener la membrana timpánica no diferenciada y por tener una quilla horizontal en el hocico. P. galdi difiere de L. flavomaculatus por tener el dorso verde, labios acampanados y tubérculos cónicos en el párpado superior, talón y borde externo del tarso. Dentro de las especies de Perú que tienen la ingle y usualmente los muslos naranja, amarillo o rojo L. flavomaculatus difiere de P. carvalhoi, croceoinguinis, cruciocularis y flavobracatus por tener el tímpano bien desarrollado. P. cosnipatae difiere de L. flavomaculatus por tener la axila e ingle rojo-naranja y las superficies ventrales de las piernas. En P. ceuthospilus los puntos en la ingle son naranja y amarillo y tiene un gran punto naranja en la superficie posterior de los muslos; P. toftae y P. variabilis tienen manchas amarillas grandes en la ingle (delineadas de negro en la segunda especie) (Duellman y Lehr 2009).

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(1) Piel dorsal y ventral lisa; pliegue discoidal ausente; pliegue dorsolateral ausente; (2) anillo y membrana timpánica presentes; longitud del tímpano 50% de la longitud del ojo; (3) hocico redondeado visto dorsalmente, inclinado anteroventralmente visto lateramente; (4) párpado superior sin tubérculos, más angosto que la distancia interorbital; crestas craneales presentes; (5) proceso dentígero de los vómeros prominentes; (6) hendiduras vocales y almohadillas nupciales presentes; (7) Dedo I de la mano más largo que el II; puntas de los dígitos angostas, redondeadas; (8) dedos de las manos sin rebordes laterales; (9) tubérculos ulnares ausentes; (10) talón y borde externo del tarso sin tubérculos; borde interno del tarso sin pliegue; (11) tubérculo metatarsal interno ampliamente ovoide, ligeramente más grande que el tubérculo metatarsal externo también ovoide; pocos tubérculos plantares supernumerarios, difusos; (12) dedos de los pies sin rebordes laterales; membranas ausentes; Dedo III del pie ligeramente más largo que el V; puntas de los dígitos angostas, redondeadas; (13) dorso café oscuro; vientre café pálido.

Dorso moteado café claro y café rojizo, gris verdoso apagado o café oscuro; sin marcas distintivas en la cabeza. Barras en la superficie dorsal de las piernas, si presentes, difusas e irregulares. Vientre amarillo apagado a naranja apagado, con o sin gris en la región gular y puntos amarillos y negros en el vientre. Los puntos de la ingle y en la superficie anterior de los muslos crema a amarillo. Iris verde pálido con reticulaciones negras y una línea media horizontal café (Duellman y Lehr 2009).