Nymphargus anomalus se diferencia de la gran mayoría de ranas de cristal por tener el dorso café claro con manchas café oscuro y ocelos negros con centros naranja-cafés, en vez del color verde usual característico de la mayoría de centrolénidos. Solo N. ignotus tiene un color dorsal similar, sin embargo, éste se encuentra en la vertiente pacífica de los Andes, mientras que N. anomalus está restringida a la vertiente amazónica de los Andes.

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(1) Machos sin espinas humerales; (2) hígado con cuatro lóbulos definidos y cubiertos de peritoneo transparente (sin iridóforos); (3) mitad anterior del peritoneo parietal ventral color blanco (con iridóforos), mitad posterior transparente; pericardio blanco; peritoneo translúcido cubre el aparato digestivo; (4) en vida, dorso café claro con manchas café oscuro y ocelos negros con un centro naranja-café; huesos blancos; (5) en preservante, dorso crema con puntos blancos, manchas lavanda y ocelos lavanda y ocelos negros con un centro blancuzco; (6) en machos, piel dorsal ligeramente granular con o sin espículas diminutas; en hembras, piel dorsal levemente granular sin espículas; (7) rostro truncado vista dorsal y lateralmente; (8) tímpano relativamente pequeño, orientado casi verticalmente con inclinación lateral y posterior evidente, su diámetro 20% del diámetro del ojo; anillo timpánico mayoritariamente visible, con un pliegue supratimpánico cubriendo el borde superior; membrana timpánica diferenciada y translúcida, parcialmente pigmentada; (9) membrana ausente entre los dedos I-III de la mano, basal o moderada entre los dedos III y IV; fórmula de membranas de la mano: III (21/3-3+) — (2+-22/3) IV; (10) prepolex no separado del Dedo I de la mano; almohadilla nupcial Tipo I; (11) Dedo I de la mano ligeramente más corto que el Dedo II (longitud Dedo I 91.5-99.2% Dedo II, n = 7); (12) pliegue ulnar pequeño; pliegue tarsal interno y externo presente, pero pequeño y difícil de distinguir; (13) membrana moderada entre los dedos de los pies; (14) superficie ventral-posterior de los muslos con un par de tubérculos agrandados; (15) disco del Dedo II de la mano relativamente expandido (50% del diámetro del ojo); (16) sin dientes en el proceso dentígero del vomer; (17) machos cantan desde la superficie superior de las hojas; comportamiento de pelea desconocido; las masas de huevos se depositan en musgos o ramas sobre ríos.

Dorso café claro con un matiz amarillo a rosa. Superficie dorsal de la cabeza, cuerpo y extremidades con manchas pequeñas y ocelos negros con centros color naranja. Mitad anterior del peritoneo parietal ventral color blanco, mitad posterior transparente. Iris amarillo pálido con reticulaciones negras; el color del iris se vuelve blancuzco al alejarse de la pupila.