Nymphargus buenaventura se distingue de los demás centrolénidos por sus reducidas membranas entre los dedos de la mano, ausencia de espina humeral, dorso con puntos claros y ausencia de iridóforos en el peritoneo visceral digestivo pero con iridóforos cubriendo la cápsula renal. Este último caracter es compartido con otras tres especies, N. cariticommata, N. griffithsi y N. wileyi. Nymphargus cariticommata difiere de N. buenaventura por tener el hocico redondeado visto dorsalmente, puntos amarillos en el dorso (puntos amarillos pálido a crema pálido en N. buenaventura), iris blanco con reticulaciones negras y por ocurrir en la vertiente oriental de los Andes de Ecuador (N. buenaventura está restringido a la vertiente occidental). Nymphargus griffithsi difiere por tener puntos dorsales oscuros, aunque algunas poblaciones tienen puntos blancos o amarillos. Nymphargus wileyi difiere por tener el dorso verde uniforme y se distribuye en la vertiente nororiental del Ecuador.

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(1) Dientes vomerinos ausentes; (2) hocico truncado visto dorsal y lateralmente; narinas elevadas con una profunda depresión en el área entre narinas; (3) mitad inferior del anillo timpánico evidente, orientado dorsolateralmente con inclinación dorsoventral; pliegue supratimpánico ausente o muy pequeño; (4) dorso levemente granular con tubérculos aplanados dispersos que corresponden a puntos light y extensas microgranulaciones; (5) piel ventral areolada, par de tubérculos grandes, redondos y aplanados en la parte posterior ventral de los muslos; piel subcloacal granular y esmaltada; (6) mitad superior del peritoneo parietal cubierto por iridóforos, resto de peritoneos claros excepto por las cápsulas renales cubiertas por iridóforos; (7) hígado tetralobulado; (8) espina humeral ausente; (9) membranas ausentes entre dedos I, II y III de la mano; basal entre los dedos externos; fórmula de membranas de la mano: III 22/3 — 21/2 IV; (10) webbing on feet moderate; webbing formulae: I 2 — 2+ II 1+ — 21/2 III 1 — 21/2 IV 21¬/2 — 12/3 V; (11) bordes ventro externos del antebrazo y tarso con un pliegue pequeño, otros pliegues dérmicos ausentes; (12) almohadilla nupcial sin pigmentar Tipo I, prepolex oculto; (13) primer dedo de la mano más corto que el segundo, (14) diámetro del ojo más grande que el ancho del disco del Dedo III; (15) dorso verde con puntos amarillo pálido dispersos; huesos verdes; (16) en preservante, dorso lavanda pálido con puntos crema dispersos; (17) iris plateado amarillento con finas reticulaciones marrón oscuro; (18) manos verde amarillentas con discos amarillo brillante, melanóforos presentes en los dedos externos de manos y pies; (19) los machos cantan desde la superficie superior de las hojas a lo largo de riachuelos; (20) canto de advertencia desconocido; (21) comportamiento de pelea desconocido; (22) masas de huevos se encuentran en la superficie superior de las hojas cerca de ríos.

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Dorso verde claro con puntos amarillo o crema pálido en toda la superficie dorsal, incluyendo brazos y piernas. Manos y pies verde amarillentos con discos amarillo brillante. Vientre crema. Iris plateado amarillento con finas reticulaciones marrones.