Su nombre específico deriva del latín mutabilis (= mutable, cambiante), y se refiere a su habilidad para cambiar la textura de su piel (Guayasamin et al. 2015)

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Filogenia (Guayasamin et al. 2015). Estos autores lo incluyen en el grupo Pristimantis myersi de Hedges et al. (2008), en base a características morfológicas y moleculares, aunque reconocen que la validez de este grupo todavía requiere otros estudios. Ellos estudiaron sus relaciones evolutivas mediante el uso de los genes mitocondriales 12S y 16S. La filogenia resultante indica que P. mutabilis es el taxón hermano de P. verecundus + Pristimantis sp. (de Mashpi, provincia de Pichincha). Pristimantis mutabilis contiene dos poblaciones con una distancia genética relativamente grande (5.0-6.5%), a pesar de que están geográficamente cerca (distancia aérea = 37.7 kilómetros). Dada la alta divergencia entre las dos poblaciones, es plausible que representan linajes distintos; sin embargo, se requiere un tamaño de muestra más grande que incluya más datos (genéticos, morfológicos, acústicos) para poner a prueba esta hipótesis. La explicación más probable de tan amplia divergencia genética entre poblaciones morfológicamente similares sería la presencia del valle seco del río Guayllabamba, que parece estar actuando como una barrera biogeográfica, lo que limita el flujo de genes entre poblaciones. Se requieren estudios adicionales con otros taxones distribuidos al norte y al sur del valle de Guayllabamba para verificar su importancia en los procesos de diversificación.