Pristimantis yumbo es muy similar en su morfología externa y patrón de coloración a P. atratus de las estribaciones sur orientales de los Andes de Ecuador. Ambas especies poseen tubérculos cónicos sobre el talón, tarso y ojo, su coloración dorsal es café amarillenta a beige con bandas longitudinales café oscuras y la textura de la piel está compuesta por pequeños tubérculos aplanados; sin embargo, P. atratus tiene negro en las superficies ocultas de las ingles y piernas (crema amarillento en hembras, sin pigmentación en machos de P. yumbo), y el iris dorado con su parte media cobre rojizo (homogéneamente crema amarillento en P. atratus). Aunque ambas especies presentan tubérculos cónicos en los talones, en los machos Pristimantis yumbo pueden llegar a ser tubérculos elongados, además de presentar rebordes cutáneos en los dedos y tubérculos ulnares conspicuos. Pristimantis yumbo se asemeja P. nyctophylax de los ecosistemas montano bajos de las estribaciones occidentales de Andes Ecuador, sin embargo, éste posee tubérculos cónicos muy pequeños en el talón (cónicos a elongados en P. yumboP. yumbo), dorso con finamente granular (con tubérculos aplanados en P. yumbo) y coloración dorsal café moteado con café oscuro (café amarillento a beige en P. yumbo). Pristimantis acutirostris de los Andes Centrales de Colombia, puede ser similar a las variaciones de coloración claras de P. yumbo. Sin embargo P. acutirostris tiene la piel del dorso finamente granular (con tubérculos pequeños en P. yumbo), tubérculos muy pequeños en el talón y sin tubérculos en el ojo (tubérculos cónicos en P. yumbo), superficies ocultas de las piernas amarillas con reticulaciones coloración oculta en las ingles de color amarillo con café reticulado en P. acutirostris (crema amarillento en hembras y ausente en machos de P. yumbo) y por el perfil redondeado (punteagudo en P. yumbo).

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Hocico alargado, acuminado en vista dorsal, puntiagudo de perfil; diámetro del ojo levemente mayor que la distancia ojo-narina (distancia ojo-narina 68,3–94,5 % del diámetro del ojo en machos, 82 % en la hembra); narinas débilmente protuberantes, dirigidas lateralmente; canto rostral directamente angular; región loreal débilmente cóncava; labios ligeramente abultados; uno o dos tubérculos cónicos grandes en machos, tubérculo cónico pequeño en hembras y algunos pequeños redondeados sobre el párpado superior en machos y hembras; ancho del párpado superior 50,7–76,1 % de la distancia interorbital en machos, 76,1 % en hembras; crestas craneales ausentes; pliegue supratimpánico presente, borde superior del tímpano visible, dos a tres tubérculos postrictales cónicos inferiores y posteriores al tímpano; membrana timpánica no diferenciada, dirigida lateralmente; anillo timpánico visible a excepción del borde superior, redondo, su longitud es el 34,3–48,5 % del diámetro del ojo en machos, 48,5 % en la hembra; coanas pequeñas, redondas, no se encuentran cubiertas por el piso palatal o el agrandado y ovoide, el doble del tubérculo metatarsal externo redondo; tubérculos supernumerarios plantares elevados; tubérculos subarticulares bien definidos, redondeados en vista dorsal y lateral; dedos pediales con rebordes cutáneos, evidentes ventralmente; sin membranas basales entre los dedos del pie; discos de los dedos del pié ligeramente más pequeños que los de las manos, más prominentes en los dedos III-IV, bien definidos por hendiduras circunferenciales; longitud relativa de los dedos del pie: 1<2<3<4>5; Dedo III del pie menor al dedo V (disco del dedo III no llega al nivel del disco del dedo V cuando están juntos al dedo IV); dedo III del pié va más allá del penúltimo tubérculo subarticular del dedo IV.

Dorso desde café oscuro a café amarillento o beige, con líneas longitudinales finas o gruesas café oscuro, pliegues dorsolaterales café claro, dos tubérculos pequeños cónicos en la espalda de color negro, hileras de pequeños tubérculos cónicos en los flancos negros. Hembras con superficies de las ingles y axilas crema amarillento. Vientre desde homogéneamente crema amarillento a café amarillento con marcas café oscuras. Garganta en machos con una marca en ”V” color café oscuro. Línea cantal y supratimpánica café oscura. Miembros de las extremidades anteriores y posteriores ligeramente con bandas transversales café oscuras a homogéneamente café oscuras. Superficie oculta de las extremidades traseras, con puntos crema amari- llento en hembras. Iris en al mayoría de especímenes colectados dorado con parte media cobre rojizo o iris café cobrizo con parte media cobre rojizo.